中心的组织机制由三部分构成：中心组织机构、学术委员会及中心理事会。中心学术委员会主任由李华军院士担任，中心理事会的理事长是由王小勇副校长担任，中心主任由尤再进教授担任。

中心以大连海事大学为牵头单位，同时联合交通运输部天津水运工程科学研究院（简称“天科院”）、中交第一航务工程勘察设计院有限公司（简称“一航院”）和国家海洋环境监测中心（简称“海洋中心”）作为协同技术创新单位。

中心组织机构框架

中心实行主任负责制，同时设立学术委员会、理事会和教授委员会，其中学术委员会主任由中国海洋大学李华军院士担任，理事会理事长由牵头单位大连海事大学副校长王小勇担任，中心主任由尤再进教授担任（兼教授委员会主任），中心执行副主任由王召伟副教授担任。同时，中心下设创新研究中心、实验基地、研究生联合培养基地和国内外合作交流等运作模块，结合实际研究及建设工作需要，中心确定五个研究领域团队负责人。中心是以学校为主体，按协同形式构建由中心理事会、学术委员会、教授委员会、研究中心和管理团队组成，形成纵横结合、分层交错的协同管理模式，达到既有分工也有协作，既有重点也有全局的立体式管理架构。